Anno Domini 2030. Un reparto speciale della polizia giapponese chiamato "Sezione 9" è incaricato di occuparsi di tutti i casi legati ai crimini riguardanti le tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che nel ventunesimo secolo hanno avuto uno sviluppo oltre ogni immaginazione. Interlacciandosi fra loro, queste tecnologie hanno reso infatti possibile la creazione di cervelli e corpi artificiali potenziati oltre le normali capacità umane, utilizzati per operazioni spionistiche e terroristiche. Protagonisti della serie sono i componenti della squadra della Sezione 9: il maggiore Motoko Kusanagi, i suoi sottoposti e il caposezione Aramaki, i quali devono vedersela, questa volta, con una misteriosa ragazza giunta dalla Cina che si rivelerà un vero e proprio osso duro...